Además, durante esta fase de grupos, el jugador llegó a su partido número 100 con el combinado nacional en el encuentro que la selección disputó ante Angola. Al término de la fase regular de la liga ACB fue designado junto a su compañero de equipo Fran Vázquez, como integrante del quinteto ideal de la temporada acompañado además de Pablo Prigioni, camisetas de baloncesto baratas Igor Rakocevic y Felipe Reyes. La temporada 2000-01 fue la de la consolidación definitiva de Navarro como uno de los jugadores más importantes del F. C. Barcelona saliendo como titular en 21 de los 32 encuentros que disputó. En dicho torneo Navarro comenzó de forma «discreta», cediendo protagonismo a otros miembros del equipo como Pau Gasol, no obstante, al llegar a las rondas finales Navarro tiró de galones y comenzó su exhibición.
En el 2005, en el Eurobasket celebrado en Belgrado, fue la primera y hasta la fecha única vez que Navarro se quedó sin conseguir una medalla en sus participaciones en este torneo. El mundial de Indianapolis 2002 fue la primera vez que Navarro tuvo la ocasión de participar en este tipo de torneos. Los torneos internacionales donde más medallas ha logrado Navarro han sido en los Eurobasket. Desde la creación del deporte, los Estados Unidos han dominado los torneos internacionales, con cierta competencia por parte de Yugoslavia —y posteriormente de Serbia— y de los equipos de la Unión Soviética. En la temporada 1999-2000, Navarro por fin da el salto pasa a formar parte de la primera plantilla del F. C. Barcelona de forma exclusiva de la mano del entrenador Aíto García Reneses. La siguiente edición del Eurobasket, la de Suecia 2003 supuso para Navarro el subir otro escalón y hacerse con la primera de sus medallas de plata.
KIA ya es patrocinador del Abierto de Tenis de Australia y de la FIFA, mientras que Rafael Nadal es su «embajador» en todo el mundo. Para Morel, “que los mejores jugadores del mundo quieran jugar en la mejor liga del mundo es natural. Sus 20 puntos, unidos a los 20 de Garbajosa y la excepcional defensa de todo el equipo llevaron a España a vencer por un incontestable 70-47 proclamándose por primera vez en la historia campeona del mundo de baloncesto. Juan Carlos Navarro ha sido un fijo en todas las convocatorias nacionales desde que fue convocado por primera vez para la categoría cadete y en todas ha sido un jugador destacado.
En semifinales jugarían frente al Power Electronics Valencia, aportando Navarro 12 puntos en 35 minutos de juego, clasificándose para la final en la que jugarían contra el Real Madrid. España se enfrentó a Grecia en la que Navarro tomó las riendas de la selección para ser el máximo anotador del partido con 23 puntos (5/6 en triples) y colocar a España en la final del torneo. En el Eurobasket 2011 fue coronado Mejor Jugador del Torneo. A los 12 años, un ojeador del F. C. Barcelona se fijó en él y le fichó para jugar en una categoría superior a la que le correspondía por edad.
Dos días después el conjunto azulgrana caería en semifinales ante el TAU Vitoria 77-90 en un partido en el que Navarro fue el máximo anotador de su equipo con 19 puntos. Posteriormente, en la misma temporada, el F. C. Barcelona resultó vencedor de la liga ACB con un Navarro también muy destacado. Posteriormente, Nike permitió crear a Jordan su línea de ropa «Jordan Brand». Posteriormente, llegarían al equipo los talentosos Chris Webber y Latrell Sprewell. Los Nuggets se convirtieron en el decimosexto equipo en la historia de la NBA en perder 10 partidos en una sola postemporada. James, que cumplió su objetivo de ganar la NBA con lso Heat: ganó dos y jugó cuatro finales seguidas. En la final, el Barça se vio completamente superado en los partidos, ganando los vascos por un contundente 3-0, en una de las mayores sorpresas de las finales. Pero ni el aforo, ni el homenaje a los sanitarios ni The Weeknd podrán eclipsar al verdadero protagonista de la final, el incombustible Tom Brady.